上市公司的母子公司管控有着其特殊性，这种特殊性主要体现在两个方面：
第一：上市公司的母子管控基础更广大了。上市公司的母子公司管控不仅要对公司管理层负责，更需要为包括众多公众股东的全体股东负责。这个责任一般而言通过对上市公司进行监管的多层次的体系来完成：包括证监会、交易所、第三方的证券公司、会计师和律师事务所等。核心是证监会和交易所对上市公司提出的相关要求，以及辅助这些要求实现的各种相关活动。
第二：对于第一点中的管控要求，任何一家上市公司都要与已有的，适合于行业特点、地域特点和企业自身特点管控制度相结合。这其中包含了法律上的结合，也包括技术上的结合。法律上的结合，主要是如果目前公司必须的管控方法和制度上是否有与上市相关规定不一致的地方，如果有如何进行调整或者变通。技术上的结合，目前公司的很多操作可能在实质上可以实现与要求的相关措施同样的效果，但是，方法并不完全一致，如何调整到一致。
上市公司母子公司管控的重点有如下几条：
1、母公司对上市公司经营者的任免权利的问题
股东最主要地权利之一是选择经营者，但众多国有大型企业集团的母公司对其上市公司并不能完全享有该权利，其上市公司的总经理通常是由政府主管部门决定后，再通过上市公司董事会按法定程序任免。即便是国有资产授权投资的机构，也难以真正行使对上市公司经营者的选择权。这种做法对理顺母公司与上市公司关系带来不少负面影响。
因此，改善董事会人员构成，增加董事会中独立董事的比例可以成为有效的控制手段之一。成立主要甚至完全由独立董事组成的委员会，如审计委员会、提名委员会、薪酬委员会、绩效考核委员会等，还可规定董事会必备的特定专业结构，对独立董事的任职资格、行为规范、工作制度和道德操守做出更严格细密的规定，以确保独立董事能有效地展开工作。
2、母公司干涉上市公司日常经营的问题
母公司干涉上市公司经营问题主要表现在以下几种形式：
1）母公司行政干预。这主要是延续了计划经济体制下形成的管理思路，尤其是从政府行业管理部门转变而成的企业集团母公司，不少还在对上市公司沿用行政管理的很多做法。这就要求转变政府职能，引入投资者集体诉讼和代表诉讼制度：完成股权分置改革．形成公司治理的共同利益基础，使股票市场发挥控制权市场的作用；培育机构投资者．继续发展证券投资基金，培育并完善经理市场
2）母公司过度控制。那些在竞争中发展形成的企业集团，很多都是从单一的小工厂发展成为多元化大型企业集团，而且多数是借助于上市公司获得了飞跃的发展。在这种集团内部的企业之间是一种紧密结合的关系，同时创业者在企业集团中的影响力较强，母公司拥有的品牌资源和对品牌的强有力控制，使集团内部的企业，包括上市公司和非上市公司在重大事项和日常经营等方面都受到母公司的严格控制。但由于上市公司是公众公司，不仅受《公司法》的约束，而且还由《证券法》、《上市公司治理准则》等一系列法律法规调整，并受证券监管机监管，因此母公司对上市公司的控制必须以法律法规为准绳，在不超越法律限定范围的前提下，以上市公司的治理效率高低为标准来判断其控制程度是否合适。
3）内部人控制。上市公司内部人控制现象，经常出现在国有控股上市公司中，如郑百文制造假帐、虚构利润事件等。这表面上看来是所有者越位，实质上是所有者缺位。正是国有出资人不到位，造成母公司的经营者或者上市公司经营者错位到所有者的角色，从而造成“内部人控制”现象。当然，上市公司的“内部人控制”现象在中国证券市场频频出现，也与中国上市公司法人治理结构不规范有关。目前中国很多上市公司都已设置了独立董事，但比例仍然较低。而且中国上市公司中的独立董事很少发挥作用，其一是因为很多独立董事是母公司“请”的，并不真正“独立”；其二是因为没有明确界定独立董事的权力以及独立董事如何行使权力，造成独立董事无法充分发挥作用。
3、母公司对上市公司的治理和管理的效率问题
大部分跨国企业集团的母公司本身是上市公司，如日立集团的母公司日立制作所、丰田集团的母公司丰田汽车公司等均是上市公司，因此并不存在母公司对上市公司的治理和管理问题。而中国的企业集团母公司多数是国有或国有控股公司，其本身并不上市，母公司作为上市公司的控股股东，必须面临如何治理和管理上市公司的问题。
从跨国企业集团母公司自身的治理结构来看，由于其股东人数众多，股权非常分散，即使大股东的持股比例一般也不超过10%，如丰田汽车公司的最大股东丰田织纲持股比例为5.4%，前10大股东中的其余9位股东持股比例都在2.6%-5%之间。因此，大股东无法单方面决定上市公司的重大事宜，这样可以使上市公司的决策充分符合所有股东的利益，所以这种股权分散型的公司治理通常被认为是高效的、符合市场经济规律的治理方式。而中国国有控股上市公司的母公司通常持有其50%以上的股权，母公司可以单方面对上市公司实施强有力的控制。但这种大股东控制型的治理结构就一定是低效的吗？有关研究表明，作为一种有效的公司组织形式，大股东所有权具有生命力，大股东控制型的公司治理效率并不比股权分散型的公司低。当然这里有一个前提条件，即母公司是一个以利润最大化为目标的“经济人”，如果母公司是“非经济人”，则结论就可能完全不同。所以决定母公司对上市公司治理和管理效率的关键问题不在于是否股权足够分散，而在于控股股东是否能按照市场规律运作。国有企业集团的母公司能否按市场规律运作，又取决于国资监管体制改革能否真正实现政企分开。
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